Áttekintés
Canvas
Átfogó tudású kémiai informatikai rendszer
A Canvas programcsomag innovatív technológiákra épülő kémiai informatikai eszközök gyűjteménye, amely páratlanul sokoldalú alkalmazhatóságot és magas teljesítményt kínál olyan problémák széles köréhez, amelyekkel a kutatóknak a molekulamodellezés területén elkerülhetetlenül szembe kell nézniük.
Részletesebben...
|  |
CombiGlide
Vezérmolekulák felfedezése és tulajdonságaik optimalizálása.
Egyesíti magában a
kombinatorikus dokkoló algoritmus, a pontos receptor-ligandum kölcsönhatás
számítás és a molekulaváz módosítását is lehetővé tévő „core-hopping”
eljárás előnyeit. Segítségével eredményesen tervezhetők új
vegyületkönyvtárak, amelyekben nem csak azonos molekulavázat tartalmazó
vegyületek szerepelhetnek. A CombiGlide hatékony eszközt ad az új,
biológiailag hatásos molekulákat kereső kutatók kezébe.
Részletesebben... |  |
ConfGen
Gyógyszermolekulák bioaktív konformációjának gyors és hatékony meghatározása.
A konformációkeresés során nem lehet a flexibilis ligandum bioaktív konformációját teljes bizonyossággal meghatározni,
de megfelelően választott keresési feltételekkel idejekorán kizárhatók a valószínűsíthetően inaktív vagy energetikailag kedvezőtlen konformerek. A
ConfGen a fizikai és heurisztikus megközelítés optimális kombinációjával jól kezelhető méretű adatbázisokat
hoz létre, amelyek tartalmazzák a bioaktív konformáció ésszerű megközelítését. A kisebb adatbázisoknak köszönhetően a keresési eljárás töredék idő alatt végezhető el.
Részletesebben... |  |
Core Hopping
Molekulák alapvázának ligandum- és receptoralapú
feltérképezése
A
core hopping eljárás lehetővé teszi az alapvázak gyors szűrését és új, módosított alapvázú vezérmolekulák kijelölését úgy, hogy közben megmaradnak az eredeti molekula kulcsfontosságú R-csoport kölcsönhatásai.
A szokványos ligandumalapú eljárások mellett a Core Hopping modul lehetőséget nyújt új alapvázak receptoralapú keresésre is, amely során felhasználja az aktív helyről és a kötődési geometriáról rendelkezésre álló ismereteket.
Részletesebben... |  |
Desmond
Biomolekulák nagyteljesítményű molekuladinamikai
szimulációja.
Gyors és pontos molekuladinamikai szimulációs eszköz, mely egyesíti a
merev molekulaszerkezetek és a flexibilis fehérjemolekulák
szimulációjának lehetőségeit. Hosszabb időszakok szimulációjára is
képes, így alkalmas eszköze a biokémiai és gyógyszerkémiai jelenségek
tanulmányozásának.
Részletesebben... |
 |
Epik
Gyors és pontos pKa becslés.
A program által
alkalmazott és már bizonyított hatékonyságú Hammet-Taft módszer
használhatóságát jelentősen megnöveli a vegyületek tautomer formáinak
meghatározási lehetősége. Az Epik tökéletes választás a ligandumok
protonációs állapotának felméréséhez biológiai környezetben.
Részletesebben... |  |
Field-Based QSAR
Új vezérmolekulák meghatározása és optimalizálása a kötőhely kémia
tulajdonságainak kvantitatív becslésével
A Field-Based QSAR új távlatokat nyit a ligandumalapú
gyógyszerkutatás területén. Aktív és inaktív molekulák egy-egy illesztett
sorozata segítségével becslést ad új molekulák várható biológiai aktivitására.
Az eljárás során a ligandumok által létrehozott kémiai teret vizsgálja, amelyet
molekulamechanikai vagy kvantummechanikai módszerekkel határoz meg.
Részletesebben... |
 |
Glide
Teljes körű megoldás ligandum-receptor dokkolási feladatok megoldására.
A nagy hatékonyságú
virtuális szűrési eljárás segítségével vegyületek millióinak lehet a
receptorhoz való kötődési erősségét megbecsülni. A Glide kiemelkedően pontos
eredményeket szolgáltat, s a szűrési folyamat minden lépésében sokrétű
paraméterezési lehetőséget kínál.
Részletesebben... |  |
Induced Fit
Új módszer a ligandumok által a receptor aktív helyén okozott
konformációváltozás meghatározására
A Schrödinger által kifejlesztett új eljárás a Prime
teljesítőképességét a Glide molekuladokkoló kapacitásával ötvözve
figyelemreméltó sikerrel képes előre jelezni a ligandum kötődése által okozott
változást az aktív hely geometriájában.
Részletesebben... |
 |
Jaguar
Gyors ab initio kvantumkémiai molekulamodellező program.
Kiemelkedő
teljesítményű ab initio programcsomag minden molekulamodellezési
feladat elvégzésére. A számítások mind gázfázisú rendszerekre, mind
oldatokra elvégezhetőek. Különös erőssége a fématomot tartalmazó rendszerek
vizsgálata. A Jaguar a leghasznosabb kvantumkémiai eszköz a kémikusok
számára a valós problémák megoldásához.
Részletesebben... |  |
KNIME Extensions
Moduláris keretprogram a munkafolyamok
automatizálásához
A nyílt forráskódú KNIME felület segítségével
a felhasználók sokféle ismétlődő részfeladat végrehajtását
automatizálhatják, így a munkafolyamat egésze is jelentős mértékben
meggyorsítható, a molekulák szerkezetelőkészítésétől a kész modellek
megalkotásáig. A KNIME Extensions nélkülözhetetlen eszköz a kutatók
számára a kémiai informatikában és modellezésben.
Részletesebben... |
 |
Liaison
A ligandum-receptor kötődési szabadentalpia pontos és hatékony becslése.
Hasonló kötődési móddal
rendelkező ligandumok sorozatánál a lineáris interakciók módszerével
határozza meg a receptorhoz való kötődés erősségét. A Liaison kiemelkedő
hatékonysággal alkalmazható vezérmolekulák tulajdonságainak
optimalizálására.
Részletesebben... |  |
Ligand & Structure-Based Descriptors
Praktikus és hatékony megoldás
vegyület rangsorolásra, kötődési hajlam becslésre.
A biológiailag aktív molekulák receptorhoz való
kötődési hajlamának a ligandumok rangsorolásán alapuló becslése nélkülözhetetlen a gyógyszerkutatási folyamatok során.
Ez a modul több számítási eljárást egyesít egyetlen felhasználói
felületen, a nagyszámú molekuláris jelzőszám jelentősen megnöveli a kutatók modelljeinek
hatékonyságát.
Részletesebben... |
 |
LigPrep
Pontos 3D molekulamodellek létrehozása.
A LigPrep sokkal
több mint egy egyszerű 2D-3D konverziós program.
A háromdimenziós
molekulaszerkezet felépítésénél figyelembe veszi a tautomer formákat, a
sztereokémiai és ionizációs állapotokat, és energiaminimalizálást is végez.
Nagyszámú, testreszabható szűrőfeltételeinek alkalmazásával a további
vizsgálatok optimális kiindulási pontjaként szolgáló adatbázisok
létrehozására is lehetőséget ad.
Részletesebben...
Vissza a lap elejére
|  |
MacroModel
Sokoldalú molekulamodellező program, amely az elméleti vizsgálatok gazdag tárházát kínálja.
A legkidolgozottabb
molekulamechanikai erőterek, a pontos és hatékony szolvatációs
modellek, a magas szintű konformációkereső eljárások, a molekuladinamikai
számítások mind-mind hozzájárulnak ahhoz, hogy a MacroModel az egyik
legátfogóbb igénnyel megalkotott molekulamodellező eszköz legyen a kutatók
kezében.
Részletesebben...
|  |
Maestro
Hatékony, minden célra használható molekulamodellező környezet.
A Maestro egy egységes
kezelőfelület az összes Schrödinger program számára. A látványos
molekulaábrázolási lehetőségeket és a fejlett adatelemző eszközöket egy
könnyen használható kezelőfelület foglalja tökéletes egységbe. A programot
a Schrödinger ingyenesen bocsátja az akadémiai felhasználók rendelkezésére!
Részletesebben... |  |
Maestro Elements
A Maestro gyógyszerkémikusok számára tervezett változata
A gyógyszeriparban a modellezők sokasága dolgozik a Schrödinger
Maestro molekulamodellező környezetében, de az eredmények megjelenítése a
vegyészek által használt, egyszerűbb grafikus programokban nem teljes értékű. A Maestro Elements a modellezők és a
vegyészek közötti információcserét segíti, egyszerű, feladatcentrikus felülete lehetővé teszi a modellezők által szolgáltatott
minden fontos adat megtekintését és egyszerű „what if” számításos
kísérletek végrehajtását.
Részletesebben...
|  |
Phase
Kitűnő teljesítőképességű program ligandum alapú gyógyszertervezéshez.
Teljes körű eszköztárat
biztosít a farmakofór modellezéshez, s a folyamat minden lépése felett
korlátlan ellenőrzésre ad lehetőséget. Gyors, pontos, részletekbe menően
konfigurálható. A gyors és pontos Phase rendkívül eredményes eszköze az új
vezérmolekulák meghatározásának.
Részletesebben... |  |
Phase Shape
Molekulák hasonlóságalapú keresése és illesztése molekulaalak
alapján.
A modul nagyszámú molekulát tartalmazó adatbázisokban azonosítja a molekulaalak
és elektrosztatikus tulajdonságok szempontjából a vezérmolekulához legjobban
hasonlító vegyületeket. A módszert és teszteredményeit a Journal of Chemical
Information and Modeling folyóiratban publikálták.
Részletesebben... |
 |
Prime
Erőteljes és újszerű eszköz a fehérjék szerkezetének pontos meghatározásához.
Egységes felépítésű fehérjeszerkezet-meghatározó
program. Egyszerű kezelőfelülete a kezdőt is intuitívan vezeti a vizsgálat
kezdetétől egészen a finomított fehérjeszerkezetig, a tapasztalt
felhasználók pedig a számítások menetének minden részletét befolyásolhatják
a legnagyobb pontosság elérése érdekében. A Prime a receptor pontos
feltérképezésével felbecsülhetetlen segítséget nyújt a receptor alapú
gyógyszertervezéshez.
Részletesebben...
|  |
PrimeX
Átfogó programcsomag fehérjék kristályszerkezetének felderítéséhez.
AZ OPLS-AA erőtér
és a legjobb módszerek segítségével állapítható meg a kikristályosított
fehérjék finomszerkezete. Az eredmények jól hasznosíthatók a számítógéppel
segített gyógyszertervezés további lépéseiben.
Részletesebben... |  |
Protein Preparation Wizard
Fehérjemolekulák szerkezetének
ellenőrzése, javítása
A szerkezet alapú modellezés pontos kiindulási molekulaszerkezeteket igényel.
A Protein Preparation Wizard eszközeivel és automatozálási
lehetőségeivel segíti a kutatókat a megbízható szerkezetek gyors és
rendezett kidolgozásában (hiányzó hidrogén pótlása, bizonytalan protonációs állapotú csoportok
és helytelen térszerkezetű oldalláncok vizsgálata...).
Részletesebben... |  |
PyMOL
Rendkívül népszerű interaktív molekulamodellező és
megjelenítő program.
A PyMOL alkalmas többek között a molekulaszerkezetek látványos megjelenítésére,
igényes, művészi illusztrációk,
dinamikus molekula animációk készítésére, élő 3D bemutatásra.
A szoftvert megalkotó Dr.
Warren DeLano halála után a Schrödinger cég folytatja a PyMOL
fejlesztését, értékesítését, a verziók követését és a felhasználók támogatását.
A
Schrödinger a továbbiakban is aktívan támogatja a PyMOL open-source
közösségét.
Részletesebben... |
 |
QikProp
Biológiailag hatásos molekulák gyors ADME-vizsgálata.
Közel félmillió
vegyület farmakológiailag jelentős tulajdonságait képes felbecsülni egyetlen
óra alatt. Gyorsasága és pontossága nélkülözhetetlenné teszi a
vezérmolekulák kijelölése és optimálása során végzett számítógépes munkában.
Részletesebben...Vissza a lap elejére
|  |
QM-Polarized Ligand Docking
A Glide erejének és a QSite pontosságának
egyesítése
A QM-Polarized Ligand Docking, elsőként a
hasonló célú algoritmusok között, ab initio módszert használ a
fehérje környezeti hatása által befolyásolt ligandumok töltéseloszlásának
kiszámítására. Az így nyert eredmények jelentősen nagyobb pontosságúak, mint
a tisztán molekulamechanikai eljárások által szolgáltatottak.
Részletesebben...Vissza a lap elejére
|
 |
QSite
Kifinomult molekulamodellező program fehérje-ligandum kölcsönhatások
vizsgálatához.
A fehérjék aktív helyének környezetét kvantummechanikai módszerrel írja le, míg
a molekula többi részének térszerkezetét molekulamechanikai módszerrel
optimalizálja. Pontossága lehetővé teszi a fehérjemolekulákat tartalmazó
reakciók mélyrehatóbb megértését, így a QSite a hatásosabb vezérmolekulák
felfedezésére irányuló kutatások tökéletes eszköze.
Részletesebben...
|  |
Seurat
Egységes adatmegosztás és adatmegjelenítés a felfedező gyógyszerkutató csoport számára.
A gyógyszerkutatásban a napi munkához szükséges információt adatbázisok,
kutatási beszámolók és molekulamodellezési eredmények halmazából kell kinyerni.
A munkacsoport hatékony működését a Seurat program azzal segíti, hogy lehetővé
teszi az adatok megosztását és szemléletes formában történő bemutatását. Működését kifejezetten a kis molekulák
in silico szűrésére, vezérmolekulák optimalizálására és preklinikai adatok analízisére tervezték.
Részletesebben...
|  |
SiteMap
Ligandumok kötődési helyének gyors és pontos meghatározása.
A SiteMap kombinálja a fehérjék kötődési helyének gyors, pontos meghatározását
azok szemléletes megjelenítésével, ezzel hatékony eljárást biztosítva a fehérjék
és ligandumok kölcsönhatásának alaposabb megértéséhez és a biológiailag hatásos
molekulák kifejlesztéséhez.
Részletesebben... |  |
Strike
Statisztikai modellezés a hatás-szerkezet összefüggések feltárásához.
Statisztikai modellező szoftver (Strike: statistical tool for revealing insight
and knowledge), amelyet kifejezetten kémikusok számára fejlesztettek ki. A
könnyen kezelhető felhasználói felület és a molekulatulajdonságok becslésére
szolgáló nagyszámú módszer teszi a programot a QSAR-kutatások rendkívül hasznos
eszközévé.
Részletesebben...
Vissza a lap elejére
|  |
|
| |
